fix(agent): resolve ModuleNotFoundError for backend, add E2E test infra

- Dockerfile.agent: fix CMD (python -m src.agent.run), use backend/requirements.txt,
  minimal COPY (only src.agent + src.core.cot_logger), add GRACE contract
- docker-compose.yml: SERVICE_TOKEN_SECRET -> SERVICE_JWT (match code)
- docker-compose.enterprise-clean.yml: same env var fix
- docker/.env.agent.example: same env var fix
- build.sh: same env var fix
- chore: semantics-testing SKILL.md, backend tests, pyproject.toml

docker/Dockerfile.agent

@@ -1,4 +1,17 @@
-# Dockerfile.agent — Gradio + LangGraph agent backend
+# #region docker.agent.Dockerfile [C:3] [TYPE Module] [SEMANTICS docker,agent,build]
+# @BRIEF Agent Dockerfile — Python 3.11 slim + Gradio + LangGraph agent.
+# @LAYER Infrastructure
+# @RELATION DEPENDS_ON -> [EXT:path:backend/requirements.txt]
+# @PRE Docker builder context — корень проекта. backend/ и docker/ доступны.
+# @POST Образ с Gradio-агентом, LangGraph, минимальной копией backend/src/.
+# @RATIONALE Агенту нужен только src.agent.* и src.core.cot_logger (чистый stdlib).
+#            Полный трассировщик импортов показал:
+#              src.agent.app → src.agent.{context,document_parser,langgraph_setup,middleware,tools}
+#                            → src.core.cot_logger (stdlib-only, нет бизнес-логики)
+#            Ни src.models, ни src.api, ни src.services, ни src.plugins НЕ импортируются.
+# @REJECTED COPY backend/ /app/backend/ rejected — нарушает принцип изоляции контейнеров.
+#            COPY только backend/src/agent/ недостаточно — нужен src.core.cot_logger.
+
 FROM python:3.11-slim
 
 WORKDIR /app
@@ -7,13 +20,27 @@ WORKDIR /app
 RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
     libgl1 libglib2.0-0 && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
 
-COPY requirements.txt .
-RUN pip install --no-cache-dir -r requirements.txt \
-    gradio>=5.0 langgraph>=0.2 langchain-core>=0.3 \
-    langchain-openai>=0.3 langgraph-checkpoint-postgres pdfplumber
+# Python dependencies — используем backend/requirements.txt (содержит httpx, gradio,
+# langgraph, langchain-openai, pdfplumber и все транзитивные зависимости)
+COPY backend/requirements.txt /app/backend/requirements.txt
+RUN pip install --no-cache-dir -r /app/backend/requirements.txt
+
+# ── Минимальная копия backend/src/ ──────────────────────────────
+# Только то, что реально импортирует агент (трассировка 2026-06-14):
+#   src/__init__.py           — пакетный корень src
+#   src/core/__init__.py      — пакетный корень src.core
+#   src/core/cot_logger.py    — разделяемый логгер (stdlib-only)
+#   src/agent/*.py            — сам агент (8 .py-файлов, плоская структура)
+# Ничего из api/, models/, schemas/, services/, plugins/ — не копируем.
+COPY backend/src/__init__.py /app/backend/src/__init__.py
+COPY backend/src/core/__init__.py /app/backend/src/core/__init__.py
+COPY backend/src/core/cot_logger.py /app/backend/src/core/cot_logger.py
+COPY backend/src/agent/ /app/backend/src/agent/
 
 # Gradio server
 ENV GRADIO_SERVER_NAME=0.0.0.0
 ENV GRADIO_SERVER_PORT=7860
 
-CMD ["python", "-m", "backend.src.agent.run"]
+WORKDIR /app/backend
+CMD ["python", "-m", "src.agent.run"]
+# #endregion docker.agent.Dockerfile