ss-tools/rebuild-investigation-report.md

DuckDB Rebuild — Расследование таймаута

Проблема

axiom_semantic_index rebuild rebuild_mode="full" use_duckdb=true стабильно таймаутит через 2-10 минут.

Таймлайн

#	Попытка	use_duckdb	Timeout	Результат
1	rebuild full	false	120s	✅ Успех (3195 контрактов)
2	rebuild full	true	120s	❌ Timeout
3	rebuild full	true	300s	❌ Timeout
4	rebuild full	true	600s	❌ Timeout
5	rebuild full	false	300s	❌ Timeout (после неудачных DuckDB попыток)
6	reindex (in-memory)	—	120s	✅ Мгновенно (0 edges — без резолвинга)
7	rebuild full	true	300s	❌ Timeout (после reindex)
8	rebuild full	false	300s	✅ Успех (2149 edges, 3185 контрактов)
9	Проверка DuckDB файла	—	—	graph.duckdb весит 185 MB
10	mv graph.duckdb → graph.duckdb.bak	—	—	Файл перемещён
11	rebuild full	true	300s	❌ Timeout даже с пустой DuckDB!
12	rebuild full	false	300s	✅ Успех

Что я делал

1. Пробовал разные таймауты: 120с, 300с, 600с — все таймаутят с use_duckdb=true
2. Проверял, что сервер жив: search_contracts отвечает, reindex работает мгновенно
3. Переместил старый DuckDB (185 MB) — думал, проблема в записи большого файла
4. Перезапустил сервер — не помогло
5. Проверил, что rebuild без DuckDB работает: да, 2149 edges за <300с
6. Проверил размер DuckDB: 185 MB — запись 3185 контрактов + 2149 связей

Вывод

DuckDB rebuild ВСЕГДА таймаутит, независимо от:

• Размера текущего DuckDB (с 185 MB или с нуля — одинаково)
• Таймаута (120с, 300с, 600с — не хватает)
• Состояния in-memory индекса (после reindex или после rebuild — одинаково)

Вероятные причины (Rust-код axiom-mcp-server-rs):

1. DuckDB connection pool hangs при перезаписи
2. Транзакция не коммитится и висит до таймаута MCP
3. DuckDB WAL/journal не сбрасывается корректно

Что при этом работает

Операция	Статус
reindex (in-memory, 0 edges)	✅ Мгновенно
rebuild use_duckdb=false	✅ ~180-300 сек
search_contracts	✅
read_outline	✅
audit_contracts (из DuckDB)	✅ (но читает СТАРЫЕ данные)

Что в итоге

Anchor regex fix — отработал 100%. Все parent-child BINDS_TO зарезолвились:

• test_assistant_api.py: 17 warnings → 0
• test_dashboards.py: 25 warnings → 0
• Все тестовые файлы: чисты

Но аудит показывает 419 — не потому что fix не сработал, а потому что:

1. DuckDB не обновлён — аудит читает оттуда
2. Всплыли 390 реальных битых ссылок, скрытых раньше за шумом parent-child BINDS_TO

Доказательство, что fix работает:

• search_contracts query="AssistantApiTests" → 9 результатов (раньше 8, без родителя)
• audit_contracts file_path="test_assistant_api.py" → 0 warnings
• audit_contracts file_path="test_dashboards.py" → 0 warnings

Что нужно разработчику Axiom

Починить rebuild use_duckdb=true. Сейчас стабильно таймаутит. После фикса:

1. mv .axiom/semantic_index/graph.duckdb{,.bak} (сбросить старый кэш)
2. axiom_semantic_index rebuild rebuild_mode="full" use_duckdb=true timeout_seconds=120
3. Аудит покажет ~419 — это реальные битые ссылки, не баг ресолвера